El referéndum dio un estrecho margen de 60.000 votos al No. Frente a todas las encuestas que vaticinaban la clara victoria del Sí a los acuerdos. Las regiones rurales, más golpeadas por el conflicto, han avalado el texto del acuerdo de Paz. La votación del plebiscito del domingo 2 de octubre, resultó con 6.431.376 de votos, un 50,2% del total, No, frente a los 6.377.482, un 48,78%, que apoyó. Ahora corresponde al Gobierno del Presidente Santos la reorientación de los acuerdos para incluir penas más duras y limitar la participación política de los miembros de la guerrilla y trabajar a fondo un acuerdo más consensuado en cuanto la justicia transicional.

Respecto a la Justicia Transicional dentro de los acuerdos de Paz, la Comisión de Justicia Penal Internacional realizó el día 22 de septiembre de 2016 un acto al que acudieron cerca de unas 120 personas y que contó con el Alfredo Molano, consejero especial por los acuerdos de paz.